La Hermandad desde su creación, además de sus cultos externos como razón de existencia, debió desarrollar una serie de cultos de carácter interno. Aunque en los primeros siglos se desconoce el carácter de éstos, debieron centrarse en el común de rendir culto a las imágenes y amparo a los miembros de la corporación, celebrando la Santa Misa y dando cristiana sepultura a los hermanos en las bóvedas de enterramiento de las capillas.
Gracias a la transcripción de las Reglas de 1570 se puede establecer una serie anual de Cultos de Regla ya en el s. XVI. La celebración de solemnes funciones en las festividades de la Asunción, en el domingo anterior a su octava; San Juan Bautista y San Francisco, en los días de su festividad, y una última en el día de Todos los Santos, a la que seguían una serie de doce misas que se aplicaban en sufragio de los hermanos difuntos eran ya entonces cultos anuales de la corporación.
Además del mantenimiento de la celebración de la Eucaristía cada domingo en la Capilla, cabe destacar también la celebración de la Pasión en el Domingo de Ramos, que debía ser muy celebrada especialmente desde el siglo XVII cuando se hacen referencias de pagos elevados para el celebrante religioso, así como para los portadores de las andas de las primitivas imágenes de la cofradía que representaban en la celebración el encuentro de María y San Juan en la calle de la Amargura con el Nazareno camino del monte Calvario. Además, hasta el inicio del s. XX el Domingo de Ramos era el día en el que se celebraba el anual Cabildo de Salida.
Aunque la fiesta de la Epifanía debió estar vinculada con el Señor desde el origen de sus devociones y ya sabemos que en 1729 Felipe V honró con su visita al Señor en estas solemnidades. No será hasta la década de los sesenta del s. XVIII cuando se consagre la celebración de una Novena en su honor, extendiéndose en principio desde el último día de cada año hasta el ocho de enero, con el fin de incluir dentro de la misma las solemnidades de la Epifanía y de la Circuncisión. En 1799 se aprueba la edición de la Novena al Señor del Beato diego José de Cádiz, quien dio un gran impulso a este culto.
Se conoce igualmente que, al menos desde la mitad del s. XVIII se celebraban solemnes cultos los viernes, con exposición y reserva del Santísimo Sacramento. Aunque estos debieron ser suspendidos en distintas fechas por lo costeado de su estipendio, no debemos dudar en señalar que dichos cultos son el origen del Miserere de los viernes del Señor.
En torno a los cultos de la Santísima Virgen del Mayor Dolor y Traspaso, cabe señalar que durante los primeros tres siglos de existencia de la corporación, fueron los más brillantes, objeto de encargo de patrimonio y ajuar litúrgico. A estos cultos debió pertenecer el altar de plata que se cita en el inventario de 1621, que serviría de base del Solemne Septenario que cada año se le dedicaba, según cita en 1852 Félix González de León.
Desde 1500 y tras la revalidación de 1732 con Clemente XII, debía honrarse la festividad de San Juan de Letrán, basílica a la que está agregada desde entonces la Corporación, gozando con ello de todos sus privilegios. Cuenta igualmente la Hermandad con los beneficios de Indulgencias Plenarias por la visita y veneración a nuestras imágenes concedidas por Inocencio XIII para los días 3 de mayo desde 1721; las de Benedicto XIII por la visita de la Capilla el día de los fieles difuntos; la de Pio IX para los Viernes de Dolores y la Festividad de la Epifanía del Señor desde 1869; o la concedida por San Pío X a quienes visiten los viernes de la Santa Cuaresma y el resto de viernes desde 1907.
