1501. En correspondencia de visitas del Convento de Santiago de la Espada se cita que en la Capilla del Obispo recibían culto dos imágenes de bulto, que bien podían ser las de los primitivos titulares.
1544. Bajo licencia del Arzobispo Fray García de Loaysa (1539-1546) según mencionan las reglas de 1570, se trasladó al Convento de Santa María del Valle, orden franciscana, intramuros y en la collación de San Román. Permanecen allí, al menos hasta su venta a la congregación en 1695. La iglesia es la actual sede de la Hermandad de Los Gitanos.
1565. Se funda en el Convento del Valle la Cofradía de la Coronación, cuya trayectoria será determinante para la evolución de la del Poder y el Traspaso en el XVII.
1570. Nuevas Reglas de la institución, en gran medida puede que debidas a una reforma de las de 1477. Constan de 50 capítulos en los que la corporación torna de luz en hermandad de sangre, aunque a lo largo del XVII se diferencia perfectamente entre hermanos de luz y de sangre. Realiza su estación en la tarde del Jueves Santo. En ellas se hace referencia a la imagen de la Dolorosa con San Juan, un Nazareno y un Crucificado, haciendo un total de tres pasos. Se le añade al título primitivo el de “ánimas del purgatorio”. Tenemos conocimiento de ellas por la reciente localización de las mismas en el Archivo Histórico Nacional de copia trasladada en 1724 por Tomás Díaz de Benjumea.
1575. Escritura de Concordia de la Hermandad del Poder y Traspaso con los frailes de la Orden de Santiago de la Espada, probablemente por retornar a la capilla del Obispo por realizarse en estos años capilla en la nueva sede del Convento del Valle.
1576. Se encarga una escultura del Crucificado para la procesión del Jueves Santo al pintor local Juan de Santamaría. Debía tener nueve palmos de altura, costó 12 ducados más la antigua escultura en prenda.
1579. Participa como hermandad en la inauguración de la nueva Capilla Real y Traslado del Cuerpo de San Fernando. Va en octavo lugar de las de sangre por considerársele la antigüedad de las Reglas de 1570.
1582. Se construye o concluye la capilla del Convento del Valle, con bóveda de enterramiento, reja y solado nuevo. Es la primera capilla de la Nave de la Epístola, junto a la Capilla Mayor y con fachada a la calle. La corporación se traslada a ella el 17 de mayo: orden de la capilla, orden a la corporación, donación de 300 ducados para el claustro nuevo, etc.
1580-1604. Estaciones a los templos del entorno, Trinidad, San Agustín, Cruz del Campo… Desde el sínodo de 1604 incorporaba a sus recorridos entre las cuatro o cinco estaciones la de la Catedral.
1596-1623. Se desarrolla un largo litigio entre los frailes del Valle y la Cofradía de San Diego con motivo de la ampliación de las dependencias de la del Santísimo Poder y Traspaso por detrás de la capilla de San Diego. Finalmente se llega a un acuerdo favorable a nuestra corporación.
